Tipo de documento:	Relatório
Título:	Dinâmica molecular da variante P.1 do SARS-CoV-2 e estudo da coordenada de reação para deaminação da citosina
Autor(a):	Oliveira, Micael Davi Lima de
Orientador(a):	Oliveira, Kelson Mota Teixeira de
Resumo:	Várias pesquisas apontam que a última variante de preocupação Ômicron (B.1.1.529) apresenta um aumento de transmissibilidade em relação às variantes anteriores do SARS-CoV-2, porém é menos virulenta/agressiva. Desta forma, o uso de métodos computacionais como dinâmica molecular será essencial para entender suas consequências à nível molecular na interação da proteína Spike com anticorpos neutralizantes e com o receptor ACE2. Dentre os resultados obtidos a partir da dinâmica molecular em 100 ns, tivemos a redução da quantidade de ligações de hidrogênio no complexo anticorpo-antígeno. Além disso, esta nova variante resultou no aparecimento de um novo sítio proteolítico, que pode facilitar a interação ACE2-RBD e, portanto, refletir fenotipicamente em maior transmissibilidade em relação às variantes anteriores. A distribuição de carga elétrica mostrou-se mais positiva em comparação à estrutura sem mutações. Ao longo da pesquisa, percebemos que dentre os anticorpos simulados, o tipo IgA em sua forma dimérica superou o potencial de neutralização dos demais anticorpos como IgG e IgM. Os atuais diagnósticos moleculares para COVID-19 do tipo antígeno geralmente adotam a proteína Spike (S), porém os resultados aqui obtidos mostram um potencial de neutralização ainda maior por anticorpos da proteína de nucleocapsídeo (N). No decorrer desta pesquisa percebeu-se que a mutação K417T é energeticamente mais favorável e talvez por isso esteve presente na variante P.1 que infelizmente afetou a cidade de Manaus durante a grave 2ª onda. Por fim, propomos mediante o método de otimização de Monte Carlo quais substituições de aminoácidos poderiam maximizar a interação anticorpo-antígeno, o que poderá aumentar a imunogenicidade mesmo diante de novas variantes ou talvez um novo coronavírus. Desta forma, encontramos 16 (dezesseis) mutações no antígeno referente ao anticorpo IgG B38 resultando em uma afinidade maximizada de -61,656 kcal/mol. Quanto ao anticorpo IgA-Fc1, encontramos outras mutações que maximizam o valor da afinidade ao antígeno em -82,343 kcal/mol. Ainda que os resultados aqui obtidos sejam promissores seja para melhor entendermos à nível molecular a infecção pelo SARS-CoV-2 e o porquê de algumas mutações terem surgido ao longo do tempo, esperamos que estes resultados sejam levados adiante em estudos in vitro, para apenas assim confirmar nossas conclusões. Por último, realizamos uma análise qualitativa das mutações que fizeram parte das variantes que antecederam a Ômicron, e percebemos que realmente algumas mutações que afetaram a variante P.1 e Delta desapareceram, tornando o vírus menos virulento. No entanto, finalizamos ao propor a hipótese de que embora o vírus realmente tenha se se enfraquecido ao longo de sua evolução, algumas mutações críticas ainda se mantiveram nas variantes mais recentes. Sendo assim, provavelmente foi devido ao aumento da quantidade de pessoas vacinadas que fez o número de óbitos decrescer de forma expressiva. Contudo, a evolução viral ainda é muito imprevisível, e por isso sempre devemos estar sempre atentos por um possível aumento de casos, e tomar as medidas que possam preservar o maior número de vidas humanas.
Palavras-chave:	SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 Molecular dynamics Dinâmica molecular P.1 variant Variante P.1 Omicron variant Variante Ômicron Affinity maturation Maturação de afinidade
Área de conhecimento - CNPQ:	CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICA: FISICO-QUIMICA: QUIMICA TEORICA CIENCIAS BIOLOGICAS: BIOFISICA: BIOFISICA MOLECULAR
Idioma:	por
País de publicação:	Brasil
Faculdade, Instituto ou Departamento:	Instituto de Ciências Exatas
Tipo de acesso:	Acesso Aberto
URI:	http://riu.ufam.edu.br/handle/prefix/6525
Grupo de pesquisa:	LQTC - Laboratório de Química Teórica e Computacional
Vocabulário controlado:	COVID-19 SARS-CoV-2 Simulação de dinâmica molecular
Aparece nas coleções:	Relatórios finais de Iniciação Científica - Ciências Exatas e da Terra

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